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[diderot] Annotation of /branches/vis12/test/tracto.diderot
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Annotation of /branches/vis12/test/tracto.diderot

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Revision 1927 - (view) (download)

1 : glk 56 // tracto.diderot
2 :     //
3 :     // simple tractography; this only traces half the path, depending on
4 :     // seedSign; caller will half to piece these together into single path
5 :     // uses midpoint method (RK2) for integration
6 :     //
7 :    
8 :     input real stepSz; // size of steps
9 :     input real CLmin; // minimum value of CL anisotropy measure
10 :     input int stepNumMax; // max number of steps allowed, or zero if no limit
11 :    
12 : jhr 1927 input image(3)[3,3] img;
13 : glk 56
14 : jhr 248 //field#1(3)[3,3] F = img ⊛ bspln3;
15 :     field#2(3)[3,3] F = img ⊛ bspln3;
16 : glk 56
17 : jhr 1116 strand Tracto (vec3 seedPoint, int seedSign) // seedSign == +1 or -1
18 : glk 56 {
19 :     int stepNum = 0;
20 :     vec3 pos = seedPoint;
21 : glk 58 //// principleEvec : tensor[3,3] -> vec3
22 :     //// * : real x vec3 -> vec3
23 : jhr 92 vec3 guide = real(seedSign) * principleEvec(F@seedPoint);
24 : glk 56 real aniso = 0.0;
25 :    
26 :     update
27 :     {
28 :     if (inside (pos,F)) {
29 : glk 58 //// @ : field x vec -> tensor[3,3]
30 : glk 56 tensor[3,3] ten = F@pos;
31 : glk 58 //// CL : tensor[3,3] -> real
32 : glk 56 aniso = CL(ten); // "CL" is a linear anisotropy measure
33 : glk 58 //// < : real x real -> bool
34 : jhr 92 if (aniso < CLmin) {
35 : glk 56 // terminate because anisotropy went too low
36 :     stabilize;
37 :     }
38 :     // else
39 :     vec3 evec = principleEvec(ten);
40 : glk 58 //// dot : vec3 x vec3 -> real
41 :     //// - : vec3 -> vec3
42 : jhr 92 if (dot(evec, guide) < 0.0) { evec = -evec; } // fix eigenvector sign
43 : glk 58 //// * : real x real -> real
44 :     //// * : real x vec3 -> vec3
45 :     //// + : vec3 x vec3 -> vec3
46 : glk 56 evec = principleEvec(F @ (pos + 0.5*stepSz*evec));
47 : jhr 92 if (dot(evec, guide) < 0.0) { evec = -evec; } // fix eigenvector sign
48 : glk 56 guide = evec;
49 :     pos = pos + stepSz*evec;
50 : glk 58 //// + : int x int -> int
51 : glk 56 stepNum = 1 + stepNum;
52 : glk 58 //// > : real x real -> bool
53 :     //// && : bool x bool -> bool
54 : glk 56 if (stepNumMax > 0 && stepNum > stepNumMax) {
55 :     // terminate because we took too many steps
56 :     stabilize;
57 :     }
58 :     } else {
59 :     // terminate because we went out of bounds
60 :     stabilize;
61 :     }
62 :     }
63 :    
64 :    
65 :     }

root@smlnj-gforge.cs.uchicago.edu
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